Six mois après les événements décrits dans The Matrix, Neo s'est avéré être un bon présage pour les humains libres, car de plus en plus d'humains sont libérés de la matrice et amenés à Sion, le seul et unique bastion de la Résistance. Neo lui-même a découvert ses super pouvoirs, notamment la super vitesse, la capacité de voir les codes des choses à l'intérieur de la matrice et un certain degré de pré-cognition. Mais une mauvaise nouvelle frappe la résistance humaine: 250 000 machines sentinelles creusent jusqu'à Sion et les atteindraient dans 72 heures. Alors que Zion se prépare pour la guerre ultime, Neo, Morpheus et Trinity sont conseillés par l'Oracle de trouver le Keymaker qui les aiderait à atteindre la Source. Pendant ce temps, les rêves récurrents de Neo dépeignant la mort de Trinity l'ont inquiété et comme si cela ne suffisait pas, l'agent Smith a en quelque sorte échappé à la suppression, est devenu plus puissant qu'avant et a fixé Neo comme sa prochaine cible.